Tutti gli animali sulla Terra formano associazioni con microrganismi, inclusi protisti, batteri, archaea, funghi e virus. Nell'oceano, le relazioni animale-microbico sono state storicamente esplorate in singoli sistemi ospite-simbionte. Tuttavia, nuove esplorazioni sulla diversità dei microrganismi marini associati a diversi ospiti di animali marini stanno spostando il campo degli studi che affrontano le interazioni tra l'ospite animale e un microbioma con più membri multipli. Il potenziale dei microbiomi di influenzare la salute, la fisiologia, il comportamento e l'ecologia degli animali marini potrebbe alterare le attuali conoscenze su come gli animali marini si adattano al cambiamento, e in particolare i crescenti cambiamenti legati al clima e indotti dall'uomo che già hanno un impatto sull'ambiente oceanico.[1]
Negli oceani è difficile trovare organismi eucarioti che non vivono in stretta relazione con un partner microbico. I microbiomi associati all'ospite influenzano anche il ciclo biogeochimico all'interno degli ecosistemi con effetti a cascata sulla biodiversità e sui processi ecosistemici.
Attualmente sono in fase di studio i microbiomi di diversi animali marini, dglia organismi più semplici, tra cui spugne e ctenofori, agli organismi più complessi come ascidie e squali.
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